Биологи изобрели субклеточное секвенирование РНК

Биологи под руководством известного генетика Джорджа Черча создали метод секвенирования РНК in situ, что позволяет составить карту экспрессии тысяч генов в масштабах от субклеточного уровня до целого мозга или же эмбриона. изображение порядок опубликовано в Science, кратко о нем дозволительно посмотреть в ролике Nature News.

Биологи под руководством известного генетика Джорджа Черча создали метод секвенирования РНК in situ, кто позволяет составить карту экспрессии тысяч генов в масштабах от субклеточного уровня до целого мозга или же эмбриона. изображение порядок опубликовано в Science, кратко о нем дозволительно посмотреть в ролике Nature News.

Метод получил имя FISSEQ (флюоресцентное секвенирование РНК in situ). Латинским выражением in situ биологи обозначают те методы, которые дают пространственную информацию, — причина которых привязаны к конкретной точке клетки или же организма. В данном случае секвенирование FISSEQ позволяет определить последовательности молекул РНК, которые находятся в разнообразных частях клетки. Секвенирование проходит с высоким, напоминающим оптическую микроскопию разрешением.

Процедура выглядит следующим образом. прежде идеал фиксируют и разрезают на тонкие слои. после из клеток удаляют мембраны, при этом РНК, ДНК и белки остаются фиксированы в матрице (этот метод «просветления» был изобретен давеча с целью получения прозрачного мозга). РНК с поддержкой обратной транскриптазы переводят в соответствующую ДНК-копию, которую кроме часто амплифицируют. В результате из одной молекулы РНК образуется кластер идентичных фиксированных молекул («наношарик»). В нем представлена не вся исходная РНК, а только ее фрагмент, Но этого фрагмента довольно для надежной идентификации всей молекулы. после используются уже известные методы пиросеквенирования: к образцу добавляют меченые основания, и во время синтеза новых копий ДНК в разнообразных точках образца загораются разные сигналы.

До изобретения FISSEQ биологи могли или установить пространственное порядок многих РНК (метод мечения in situ FISH), либо испытывать последовательность всех РНК, Но потерять при этом пространственную информацию (секвенирование). новоизобретенный метод сочетает обе возможности, что, вероятно, приведет к появлению нового класса исследований в эмбриологии и исследованиях мозга.